Los Organos Directivos de la ANEP son:

La Asamblea General, la cual puede ser: 
a. Asamblea Ordinaria
b. Asamblea Extraordinaria
c. Asamblea Anual

La Junta Directiva, que está integrada por: 
1. Presidenta
2. Primera Vicepresidenta
3. Segunda Vicepresidenta
4. Secretaria
5. Sub Secretaria
6. Tesorera
7. Sub Tesorera
8. 1a. Vocal
9. 2a. Vocal

La ANEP cuenta con nueve (9) Capítulos, cuya Sede se encuentra ubicada en cada una de las provincias, y uno en la Comarca Kuna-Yala.

Existen diez (10) Comisiones Permanentes, cuyos planes de trabajo tenderán a cumplir las funciones de ANEP.